OTKA-K132814

A projekt tartalmának bemutatása:

A molekuláris biológia tankönyvek egy általános áttekintést adnak a génexpresszió szabályozásáról az eukarióta sejtekben. Ez nem sokat változott az elmúlt évtizedekben. A leírások általában egy core promoterről beszélnek, valamint a TATA boxról, és más elemekről, többek között az enhenszerekről. Valószínűleg említik azt is, hogy az korábbi konszenzussal ellentétben többféle promóter is létezhet. Az előző 10-15 évben egy határozott paradigmaváltás figyelhető meg ezen a területen. Felfedezték, az enhenszer és a divergens transzkripciót, és kiderült, hogy a genom háromdimenziós szerkezete fontos szerepet játszik a génregulációban.
A DNS hurkokban, melyek a CTCF-kohezin komplex révén jönnek létre, a távoli enhenszerek közel kerülnek a promóterekhez.
Fontos felfedezés továbbá, hogy az enhenszerek nem csak a génektől felfelé helyezkedhetnek el a genomban. Ehelyett egyenlően szóródnak szét a gén körül függetlenül a környező szomszédos génektől.
Ebben a projektben szeretnénk az általános génregulációs folyamatokat még jobban megérteni. A Chip-seq analízis új megközelítésével és a bioinformatikai tapasztalatunkkal, melyet a funkcionális genomikai big data elemzésével kapcsolatban szereztünk, megpróbáljuk megérteni, hogy mi történik a sejtben akkor, amikor egy transzkripciós faktor egy kötőhelyhez kapcsolódik és ezáltal megváltoztatja a génexpressziót. Az előzetes eredmények alapján kijelenthetjük, hogy több elméletünk is jobban megmagyarázhatná ezeket a jelenségeket. De ami a legfontosabb, meggyőződésünk, hogy a Chip-seq és a ChIA-PET adatok közös vizsgálata lehetővé tenné, hogy a közreműködő kötőhelyeket a transzkripciós komplexekre térképezhessük.